Arquivos de configurações:
# /etc/apache2/apache2.conf - pulls in additional
# configurations in this order:
Include /etc/apache2/mods-enabled/*.load
Include /etc/apache2/mods-enabled/*.conf
Include /etc/apache2/httpd.conf
Include /etc/apache2/ports.conf
Include /etc/apache2/conf.d/[^.#]*
Include /etc/apache2/sites-enabled/[^.#]*

Os mantenedores do Debian tem um modo peculiar de arranjar os arquivos de configurações do apache2, e isso se extende para o Ubuntu, e esse arranjo não é documentado nas documentações Standard do Apache.

Os arquivos de configurações são armazenados no diretório /etc/apache2, normalmente o arquivo principal de configuração do apache é o httpd.conf, apesar dele existir no Debian/Ubuntu, ele esta lá apenas para manter a compatibilidade com outros softwarte que esperam que ele exista.

O arquivo real de configuração é o apache2.conf, você ainda pode inserir configurações no httpd.conf assim como no apache2.conf pois este o inclui, porém suas configurações manuais deverão ir em outro lugar (veja abaixo).

Outro arquivo de configuração é inserido, o ports.conf, que contém os “Listen directives” disendo ao servidor Apache qual endereço IP e porta ouvir.

O melhor lugar para colocar suas configurações personalizadas é o diretório conf.d, arquivos neste diretorio são incluídas como part das configurações globais do servidor e serão aplicadas a todos os virtuais hosts (veja mais abaixo).

Módulos do apache:
# Files related to Apache modules
/etc/apache2/mods-enabled/*.load
/etc/apache2/mods-enabled/*.conf
/etc/apache2/mods-available/*.load
/etc/apache2/mods-available/*.conf
/usr/sbin/a2enmod
/usr/sbin/a2dismod

Uma das grandes vantagens do apache server é a sua arquitetura modular. Você pode adicionar ou remover funcionalidades como ditado por suas exigências. Na construção default do apache, você encontraria uma seção próxima ao topo de seu httpd.con com instruções para carregar cada modulo. Mais a frente no arquivo, você encontraria seções de configurações especificas para cada módulo,

In the default Apache build, you would find a section near the top of your httpd.conf file with instructions to load each module. Later in the file, you would find configuration sections specific to each module, possivelmente envolvidas pelas tags <IfModule>.

Este arranjo pode ser confuso da perspectiva do administrador de sistema que pode precisar instalar ou desinstalar vários módulos do apache. Identificando as mudanças de configuração que são requiridas por um módulo ou que requer um módulo específico pode ser difícil de fazer na mão e ainda mais difícil de automatizar com um script.

Para tornar as coisas um pouco mais fácil para o administrador, o Debian tira vantagem do fato do arquivo de configuração do Apache aceitar a diretiva Include que puxa de arquivos de configuração adicionais. Debian criou dois diretoritórios não padrão: /etc/apache2/mods-enabled e /etc/apache2/mods-available. Quando você instala um módulo do Apache a partir de um pacote do Debian, o módulo colocará um ou dois arquivos dentro de mods-available. O imperativo module.load contém a diretiva Load do Apache para carregar  o modulo em seu servidor web. O arquivo modules.conf, que é opcional, contém as diretivas de configurações adicionais para a operação do módulo.

Instalando um módulo a partir de um pacote debian faz este disponível para o seu servidor, mas não ativa automaticamente o módulo, para isto use o comando a2enmod:

a2enmod module
/etc/init.d/apache2 force-reload

O comando a2enmod criará um link simbólico n o diretório mods-enabled apontando para seu module.load e, se este existir, module.conf. Para forçar o Apache a reler suas configurações e assim carregar o novo módulo, você deve então enviar sinal force-reload.

Da mesma forma, para desabilitar um módulo:

a2dismod module
/etc/init.d/apache2 force-reload

É claro que você poder gerenciar os links simbólicos no diretório mods-enabled diretamente, mas geralmente é mais seguro usar o scipt provido. Rode o comando sem um módulo como argumento e ele mostrará um lista de nomes de modulos apropriados.

Espero que este breve documento tenha lhe ajudado.